Перестроение перекрестных сслыок за пару часов - это нормально.
У меня перекрестные ссылки ночь делаются.
Про перекрестные ссылки
http://www.mazzy.ru/axapta/hints/xref/
Почему могли возникнуть проблемы? Не знаю. Это постараться надо. У меня еще не вылатало. Скорее всего у вас стоит в параметрах пользователя галка "Перекрестные ссылки" и Аксапта пытается обновить их при каждой записи объекта в АОТ.
Если в момент записи, Аксапта вылетела, то возможны глюки.
Немного о перекрестных сслыках написано в руководстве разработчика
Ключевое слово "cross reference"
Удачи.