[kashperuk]

Если в запросе явно указать index, в котором будет сортировка по CostPrice, то вне зависимости от полей группировки будет выводится по индесу.

То есть попробуйте так:

while select ItemId, CostPrice,sum(Qty)
    from inventJournalTrans
    index INDEXMY//order by CostPrice // ??????????????????
    group by ItemId, CostPrice
    where inventJournalTrans.ItemID== '4607114340013'

где INDEXMY - индекс по CostPrice (первым в смысле в индексе он)