Хм... А версия Аксапты какая? У меня вот такого индекса на BusinessStatisticsData нет. Версия приложения - 4.0.1659.35
А вообще, ошибка-то понятная и правильная. Дело в том, что если у таблицы включено свойство SaveDataPerCompany, то Аксапта автоматически добавляет к любому индексу поле DataAreaId. В данном случае SQL Server проигнорировал второе указание DataAreaId в индексе и создал индекс только с одним DataAreaId (т.е. Аксапта-то его просила создать индекс из полей dataAreaId + dataAreaId + RecId). Затем, при проверке, Аксапта не посчитала поле dataAreaId, так как решила, что оно было добавлено ядром. Таким образом получилось "в базе данных - 1". А в AOT Аксапта обнаружила, что в индексе два поля.
По хорошему, я бы этот индекс отключил и проверил бы, что перестало работать. Затем бы выяснил, кто это что-то напрограммировал и сделал для себя выводы

Так создавать индекс по dataAreaId + RecId неправильно. Если нужен такой индекс, нужно всего лишь включить свойство CreateRecIdIndex у таблицы.
Что касается остальных ошибок, там везде стоит Да, то есть ошибка была автоматически исправлена. Так что при повторной проверке она не появится.