Если кому еще интересно.
По проблеме 1. (расширить формирование заказов для двух компаний)
Без доработок тут не обойтись, потому что в Ах 4.0 сделана проверка: если заказ сделан в другой компании (в нашем случае в виртуальной), то система пытается изменить текущую компанию на компанию, в которой был сделан заказ (виртуальную), но не может этого сделать, так как нет такой компании.