Он на закрытие склада влиять не должен. Это для операции оценки ПЗ.
А какая модель учета себестоимости по ГП? Где (как) вы смотрите себестоимость?
Кстати... что-то мне помнится... в 3.0 было что-то в производстве, что при закрытии склада делалось, а при пересчете нет.
В общем, на копии базы (или сдублировав компанию, если она небольшая) закройте склад. Если пересчитается...
. А если не пересчитается, то будем дальше спрашивать.