После долгого обмозгования сделала так (вдруг кому-то будет полезно такое решение):
1. Пересчитала склад со старыми настройками
2. Для "проблемных" (у которых себестоимость нужно было считать в разрезе складов, но ошиблись с настройкой) артикулов открыла склад с самого начала движения, программно установив поля QtySettled = 0, CostAmountSettled = 0 в таблицах складских проводок и складских сопоставлений (неотмененных), поля ValueOpen = 1, DateClosed = dateNull() в таблице складских проводок.
3. Изменила настройки, установив галку Фин. склад для аналитики Склад в группе складской аналитики.
4. Пересчитала склад по "проблемным" артикулам, что позволило выделить на отдельном документе ГК суммы коррекции себестоимости.
5. Закрыла склад
Надеюсь, все сделала верно

. Суммы расхождений у нас получились небольшие, что несомненно обрадовало

. Ну и надо заметить, что кол-во "проблемных" артикулов было небольшое.