Между прочим, разбиение открытых проводок по клиенту у Аксапты происходит и в стандарте, при использовании контрактов. В зависимости от даты платежа (точный критерий чего-то не припоминается, но связан, кажется, с графиком оплаты по контракту), одна
открытая проводка по клиенту может раздробиться на две части с различными конечными датами оплаты. После чего российский функционал книг продажи и учета начинает весело глючить (т.е. одну накладную становится невозможно оплатить этим платежом, только с привлечением другого)

Я когда-то пытался найти, где это разбиение происходит, но времени на задачу было мало, проблема появлялась редко и поддавалась ручному исправлению. Так что так на неё и забили.
Про налоги сказать ничего не могу, там, где это делали, бухгалтерией не заморачивались.