"Верю людям на слово, закрепленное подписью и печатью" - Поверьте Mazzy на слово

. Ещё лучше почитайте об этой функциональности и попробуйте в Ах2009 смоделировать на своем примере свою ситуацию. Вариант с карантинным складом (по крайней мере - по Вашим вводным) наиболее подходящий вариант - стандартный и достаточно богатый функционал.
Не очень понятно как у Вас физически бракованный или без разрешительных документов товар хранится вместе с обычным товаром? Каким образом кладовщики определяют что можно отпускать - по внешним признакам (хотя вряд ли им известно, что на эту коробочку разнесены затраты, а на такую же рядом - нет)?
Хотя я бы отнес Вашу задачу в более широкий (и совсем новый) функционал "Управление качеством". Карантинным склад там является важным элементом управления товарными запасами в разрезе управления качеством товара.
Сорри - Mazzy опередил меня с ответом