а что значит "неправильно"?
какая у вас версия?
какое именно действие вы подразумеваете под "менять с/с в номенклатуре"?
с какой стати себестоимость расхода должна меняться от настроек в номенклатуре, если с/с зависит от себестоимости приходов?
здесь
Denis Fedotenko: Себестоимость и закрытие склада
и здесь
себестоимость
читали?