Роман, приветствую!
Сразу хочу оговориться: если мои ответы-советы покажутся слишком наивными и глупыми, прошу извинить, "чем могу", как говорится"...
1. Что стоит у Вас в Параметрах Заказов-> Цены ?
2. Пробовали ли нажимать "расчет"->"общая скидка" в форме Заказа?