Система анализирует флаг Prepayment.
У меня на всех проектах было наоборот
Сначала журнал платежей по поставщику, потом из него выгружались платежные поручения в формате клиент-банка и далее загружались в клиент-банк. Вот по клиентам как раз так, как вы пишите - загружаем выписку из банка и только потом разносим журнал.
Вы можете проверять при импорте в Ах, есть ли открытые накладные по данному договору и их дату. В зависимости от этого определять признак предоплаты.