В таком случае возможны как минимум два варианта развития событий:
1. Нормальные люди (у поставщика) просто переделывают документы.
2. Если по-хорошему не получилось, надо собирать комиссию, составлять акт о недопоставке, и по результатам этого выставлять либо претензию поставщику, либо списывать на затраты недостачу, либо искать виновное лицо.
В Аксапта функционал разборок с поставщиками, к сожалению, отсутствует.