Сочувствие вызывает период переучивания с 1С на Nav
А так, по-моему, оченеь хорошая ситуация. И повод есть и время и желание.
А про структурированое изложение базовых вещей - это и есть базовый курс, который может прочитать для Вас внедряющая компания.
Для начального понимания структуры объектов и их взаимосвязях очень хорошо подходит дока "Объекты Navision" для версии 3.хх. Для функионала - Финансовый Менеджмент в Navision.