По-моему, мобильные приложения:
- идут отдельной строчкой в прайс-листе
- требуют Azure Service Bus, а это - если не еще одна строчка в прайс-листе, то лишняя привязка к Azure и аргумент против On-Premise
- могут реализовывать работу в оффлайн/синхронизацию вместо требования постоянного online, а для некоторых сценариев это критично
- всегда привязываются к конкретному пользователю (мобильному устройству, где требуется "выйти из сумрака", чтобы ставить приложения из Market), т.е. априори персонифицируют пользователя, в отличие от web, где больше возможности работать анонимно
- могут собирать дополнительную телеметрию и отправлять ее в MS в привязке к персонифицированному идентификатору (много ли кто принимает решение об установке мобильных приложений на основании списка разрешений, которые им якобы требуются?)
- могут служить "троянским конем" для доп.функционала в будущем за счет обновлений приложения (многие разрешают обновлять мобильные приложения автоматически)
- в конце концов - это модно, это в тренде, это ложится на концепцию Cloud First, Mobile First

PS. Думаю, Макдак в первую очередь интересуют персонификация в сочетании с тем, что интересует пользователя, и доп.телеметрия