Эта ситуация уже обсуждалась на форуме. Поищите
В Накладной на услуги Вы этого не сделаете. Накладная на услуги заполняется вручную и налог в цену услуги не включен. Так что, ручками или разработка.
Через склад и Заказ проводить не советую (мое ИМХО). Но каждому свое
