Вот в чем дело было!
Я делал маркировку до разноски журнала со сторно проводкой!
В моем случае при сторнировании прихода в сторно сразу же формировалась правильная себестоимость (без коррекций при закрытии склада), при сторнировании же расхода себестоимость бралась из строки сторно-журнала (к сожалению!).