Если были бы известны Ваши естественные настройки и действия (просто все это не описано), то ответ был бы найден быстрее....
........... есть метка в поле "Оплата входящего НДС" (Параметры ГК), отсутствие которой очень напоминает Вашу ситуацию................ Удачи
