Для того, чтобы оборотка по скаладу билась с обороткой по ГК нужны всего две доработки
1. Учет возвратов (сторно) по складу
2. Корректные проводки красным сторно по ГК при пересчете склада
И счастье придет
У нас склад сходится с ГК, но пришлось покодить.