2ViV
По моему дело обстоит так (может быть старшие товарищи поправят

)
Резервировать товар надо на том складе, с которого будет отгрузка.
Если на складе нет достаточного количества товара, при включенной опции Резервирование в заказанных, товар будет зарезервирован в приходе (Закупке или Переносе с другого склада).
Если у вас налажено планирование - такой приход уже существует, на тот момент, когда у менеджера появилась необходимость зарезервировать товар. Если прихода нет, его необходимо предварительно создать.
(Для этого в штатном функционале есть удобная возможность создания закупки на основе заказа, но нет создания переноса на основе заказа)
Если товар зарезервирован в приходе, то после обработки прихода
(закупки или переноса) информация о резерве сохранится (статус строки изменится с Зарезервировано в заказе на Физически зарезервировано)