This

Ни с того ни с сего в классе перестали работать ссылки на this,
и даже появились сообщения, что вызов super() в данном контексте запрещен.
Разработка у нас групповая, так что не могу сказать кто и что поменял. Сам это и хочу узнать.

см. класс WmsOnlineCountingServer метод Run.
Этот класс extends RunBase.

Кстати, проблема исчезла самостоятельно минут через 15.
Или это что-то с кэшированием или виноваты шаманы вуду.

Второе сообщение выглядит несколько странно, т.к. оно является ответом на удаленное затем сообщение некого молодого чела в прикольных очках.
Так что на момент написания оно было третьим.