Обнуление налога в накладной по закупке.

[DiZ]

Ситуация такая. Обработали накладную по закупке. Накладная сформировалась нормально. Через некоторое время обработали накладную до счет фактуры. Но в счет фактуру не попала сумма налога. При анализе выяснилось, что в момент обработки фактуры в строках накладной налог обнулился, а в заголовке остался общий налог.
Если кто сталкивался с данной проблемой, подскажите в чем может быть причина.
P.S. Программных модификаций процесса обработки счета-фактуры не было.