И все это работало хорошо, пока не нажали в Наве кнопку 'Синхронизировать все', после этого Нав создал на SQL'е имена входа вида Domain\User для каждого пользователя.
т.е. после синхронизации работать перестало?
Нет, все работает. Только не с одной группой, а с кучей логинов, которая создалась после синхронизации.