Удаление компаний

[ZVV]

сложно сказать, сам не сталкивался, но что бы я сделал в этом случае?
поставил трассировку и посмотрел какими запросами он удаляет компанию.

Скорее всего тогда и станет понятно, почему так получается.
Получится ли после этого решить проблему - не знаю.

Всегда есть вариант почистить таблицы извне Аксапты, благо несложно.
Правда нужно решить можно ли у вас так делать, т.к. если компании связаны между собой, то это будет посложнее, чем просто delete where datareaid='абв'.
И гарантий никто не даст.