Регистр "Доходы, расходы не влияющие на налоговую базу"

[Marilu]

А у вас регистр этот не модифицировался?
Потому как, судя по скриншотам, счет 91, на который падает НДС, у вас указан в группе "Затраты", которая, в свою очередь, указана в исключениях регистра! По идее проводки на эти счета вообще не должны попадать в регистр. А у вас попадают, да еще и с НДС (который у меня не попадает в этот регистр ни в одном из трех клиентских приложений).